在种植红毛丹时，需要合理的修剪。在不同时间修剪对植株的影响也是不同的。科学的修剪可以帮助它们更好的生长。生长期的温度和湿度较适宜，在给树木修剪时，需要将植株长势较差的枝条剪去，使其年生长出更为健壮的新枝。在这时修剪也会使病虫害的发生率减小，使枝干更强壮。休眠期修剪时相对于生长期养分损失较少，可以将多年生的侧枝剪短一点，多培养结果枝的形成，这样养分更加向有用的枝条集中调动，促进枝干的形成。
1、生长期：在红毛丹生长期，可以剪去囊枝，促进长枝生长。此时应避免过度修剪，特别是对于长势较弱的红毛丹。在修剪时，要注意病枝、虫校、枯枝。不要修剪过重。否则会使它们徒长新梢，这些新枝在冬季来临前没有足够的时间发育充实，易遭冻害。
2、休眠期：在冬季休眠期修剪主要有利于为后期的生长打下基础，一般是将新生的枝条根据它的造型进行修剪，多年生的侧枝也要剪短，以维持长势平衡。冬季应放在温室中修剪，有利于枝叶的光合作用，促进新芽的萌发。
