蓝靛果主要有两个修剪时期，分别为平茬割条时期与整形时期。在幼苗成活的第二年冬天，要对株丛进行平茬，目的是为了增加新的枝条，增大产量。这么做同时也可以让枝条较为笔直地生长，保证发育。紧接着果树长出新的枝干的之后，每隔2-3年要进行一次修剪整形。多次的修剪可以清除徒长枝、病枝、枯枝和生长得较为密集的树枝，确保植株之间的合理结构，使它们不因徒长而消耗养分，也不会因枝条过密而降低光合效率。
1、平茬割条时期：给蓝靛果平茬时，茬高最好能保持在五到十厘米。如果植株在第二年长出更多的新枝，为了防止生长枝条过密，可以择优选取六支左右的健壮枝干保留下来，剪除剩余的枝条。保留下的每根枝干都能长出五十支左右的结果枝条。
2、修剪整形时期：在平茬之后，每年都要进行一次修剪，将枯枝、生长过长枝、病枝和过密枝剪除，防止以上枝叶抢夺营养，阻碍植株生长。这样可以保证它们的产量不会降低。
