木瓜最适宜的修剪时间是冬末春初和夏季这两个时间段。冬季修剪的时间在12月至翌年3月间进行，此时修剪主要是去病枝、枯枝、衰老枝及过密的幼枝，调节整个植株的营养的供给情况。夏季在4-9月进行修剪为佳，主要是把长得快的枝条顶部掐掉，再去除掉多余的幼芽，增加树木的通风透气性和透光性。
1、冬季修剪：冬季木瓜树修剪的时候要注意先后顺序，应该先修剪大枝条再修剪小枝条。在修剪完之后，植株呈现的形状要均匀好看，整个树要有层次感，不要留有太大的空间，最好能够做到不疏不密。
2、夏季修剪：修剪时间从树体萌芽后停长前进行。方法为抹芽、摘心、拉枝等。抹芽为及时抹去整形带以下的芽以及主枝的竞争枝。摘心可以促发二次枝，以便来培养主枝。拉枝是由于木瓜树枝条直立性强，所以需要加大各主枝和各级侧枝的开张角度，增加植株的光合作用，更好地为植株提供养分。
