余甘果具有比较强的顶端优势，因此要对幼年树进行及时的修剪，以促进分枝的正常生长，增加骨干枝的数量，培育出良好的树形。幼年树修剪可促发分枝，成年树主要修剪密集的分枝、生病的分枝、枯萎枝及交叉枝等。重剪一般在初春进行，一般修剪在四季都可进行。
1、幼年树：一般情况下，幼苗高50-60cm时应剪短。发芽后，选择3-5个强枝生长成主枝，当主枝成熟时，保留30cm长以促进主枝的根部萌发新芽。每条主枝选择留下2-3条新芽作为侧枝，剪去多余的枝条;侧枝成熟后。通过摘心，在每个侧枝上留下2-3个分枝，以后让其自然分枝。
2、成年树：成年树修剪主要是在初春进行，由于余甘果的一年生果枝可以在第二年发展为两年生的果枝。因此在每年落叶后到春季出芽前这段时期，只对少量的一年生或二年生以上的果枝进行修剪，每条果枝底部留2-3条芽枝。剩下的可根据树型进行适当疏剪。
3、注意事项：对生长力下降的树可采取重剪，使其恢复活力和产量。修剪时要重剪、轻剪结合，尽可能少重剪，避免枝条过少导致产量下降。
